El teatro se trazó en tres pisos y una planta en forma de herradura. El escenario, aunque de reducidas dimensiones por la profundidad del solar, incorporaba grandes medidas de seguridad que incluían un telón metálico cortafuegos y un sistema de regulación del alumbrado de gas, sustituido en 1887 por el eléctrico.
La mayor novedad en su decoración y estructura fue la abundante utilización de elementos de hierro fundido.
La ornamentación interior se encuadra en el estilo neoárabe, con profusión de elementos del antiguo arte hispano musulmán. Las barandillas de los palcos, separados entre sí por columnas nazaríes y antepechos de hierro colado, proporcionan un conjunto elegante y ligero.
La balaustrada se adorna con motivos de la baraja española e instrumentos musicales, un guiño a las actividades del propietario, D. Silverio López de Larrainza, empresario de salas de juego, quien quiso dejar constancia de su actividad empresarial, además, con las dos esculturas en bronce que representan a un malabarista y a un encantador de serpientes, flanqueando la entrada a la sala. Por el deseo de dedicarlo al género cómico, el nuevo coliseo recibió el nombre de Teatro de la Comedia.
Al tesón del actor, director y empresario Emilio Mario se deben las primeras programaciones que siempre gozaron del gusto del público por ofrecer montajes dotados de una modernidad técnica sin parangón en la España del siglo XIX.
En la madrugada del 17 de abril de 1915 se declara un incendio que destruye por completo la sala. Los arquitectos encargados de la rehabilitación, Luis Bellido y José López Sallaberry, que incorporan el hormigón en la reconstrucción, mantienen las trazas originales del edificio y ese mismo año se reabre al público con la misma apariencia que tenía.
En épocas convulsas su escenario se transforma en tribuna de la más polémica actualidad: en 1919 acoge el segundo congreso de la CNT, en 1931 celebra la Asamblea del Sindicato de Actores, en 1933 es testigo del nacimiento del partido Acción Obrerista y del acto fundacional de la Falange.
La Comedia ha vivido estrenos de obras de Echegaray, Benavente, Galdós, los Álvarez Quintero, Carlos Arniches, Muñoz Seca, Valle-Inclán, Jardiel Poncela, Alfonso Paso, Miguel Mihura, Alfonso Sastre, Antonio Gala, Martín Recuerda, Adolfo Marsillach… En el teatro permaneció María Guerrero de 1885 a 1894, aunque no de forma continuada, y han sido compañías habituales las de Rafael Rivelles, Alberto Closas, Adolfo Marsillach, Amparo Soler Leal, Conchita Montes, Lola Membrives…
Durante un siglo, tres generaciones de la familia García-Escudero mantuvieron la titularidad del teatro, hasta que, tras un arrendamiento de doce años, el Estado lo adquiere en 1998 para sede de la Compañía Nacional de Teatro Clásico.
La Compañía, impulsada por José Manuel Garrido y fundada por Adolfo Marsillach en 1986 para la recuperación de los textos clásicos, se instala desde su creación en el Teatro de la Comedia, que a partir de entonces experimenta un cambio de identidad, tanto por el acondicionamiento de sus obsoletas instalaciones, como por los fines artísticos que se plantean los nuevos inquilinos.
Quedaba pendiente una reforma profunda en la estructura del viejo edificio, que apenas había tenido reformas desde la reconstrucción de 1915. El Instituto Nacional de las Artes Escénicas y de la Música (INAEM), responsable de su mantenimiento y explotación, cierra sus puertas el 30 de marzo de 2002 para llevar a cabo una amplia rehabilitación, por lo que traslada las actividades de la Compañía durante el período de obras a una sede provisional, el Teatro Pavón, donde ha permanecido trece temporadas.
Tras una larga espera, en la temporada 2015-2016 se abre un nuevo capítulo de la historia del teatro: La Compañía Nacional de Teatro Clásico, de la mano de su directora Helena Pimenta, vuelve a La Comedia, y lo hace con el estreno de una obra emblemática de Calderón, El alcalde de Zalamea. Ahora, tras la obra de los arquitectos Araújo y Nadal, se ha consolidado la estructura del edificio, se han restaurado todos los ornamentos, se han recuperado espacios, y se ha dotado al teatro de nuevos equipamientos: un gran aljibe para el sistema de extinción de incendios, elevación del escenario para instalar el peine y el contrapeine, una plataforma para ampliar el proscenio y una nueva sala, en la quinta planta, para representaciones y ensayos.
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